Jeremy Merton Sisto se narodil v Grass Valley v Kalifonii, ale od malička vyrůstal v Chicagu. Matka Reedy Gibss, americká herečka a otec Dick Sisto, jazzový hudebník, pedadog a muzikant, se rozvedli v roce 1980. Jeremy má jednoho sourozence, o dva roky starší sestru Meadow Sisto, která je také velmi aktivní herečka.