Píše se rok 2015, 15 let po události, která změnila celý svět - objevení jednoho z andělů. Z obřího Tokya zbyla jen malá pevnost Tokyo - 3, kde sídlí organizace
Podle rozhovoru v březnovém vydání časopisu Animage z roku 2006 Hiroši Kamišina, režisér seriálu, poznamenal, že seriál "absolutně nebude obsahovat žádné dějové prvky, které by se zalíbily dětem".