Také v Praze na Starém Městě iniciovala přestavbu anenského kláštera a přilehlého kostela sv. Anny. Protože bylo její manželství s Matyášem bezdětné, bylo následnictví na základě tzv. Oňatovy smlouvy určeno Ferdinandovi II.
Roku 1646 se v Innsbrucku provdala za svého bratrance Ferdinanda Karla Tyrolského (1628–1662), se kterým měla společné prarodiče jak z otcovy, tak z matčiny strany.
Arcivévodkyně AnnaTyrolská, manželka císaře a krále Matyáše II., pocházela z tyrolské větve habsburského rodu a byla tedy také sestřenicí svého manžela.