Členka habsburské dynastie se narodila 16. února 1536 ve Vídni jako dcera krále Ferdinanda I. Habsburského a jeho manželky Anny Jagellonské, dcery českého a uherského krále Vladislava Jagellonského.
Dne 15. listopadu 1530 šlápla Markéta na střep rozbitého skla. Nejprve zranění nepřikládala velkou váhu, ale vznikla gangréna, a nohu bylo nutné amputovat.