Martin Wihoda maturoval na gymnáziu v Opavě a poté vystudoval historii na Filozofické fakultě Masarykovy univerzity. V doktorském studiu pokračoval na univerzitách v Brně, Würzburgu a Marburgu, titul Ph.D. získal v roce 1999.
Martin Wihoda besuchte das Gymnasium in Opava. Er studierte an den Universitäten Brünn, Würzburg und Marburg. Ab 1990 arbeitete er als Assistent und Dozent.